فصل اول: مقدمه

1-1-اهمیت و اهداف کار 3

فصل دوم: بررسی منابع

2-1-گیاهشناسی 5

2-2-ساختمان بوته: 6

2-3- شرایط مناسب رشد 7

2-4- قدمت و منشا 7

2-5-گونه‌‌‌‌‌های مهم جنسAllium 8

2-6- اهمیت پیاز 8

2-6-1-اهمیت اقتصادی – تجاری 8

2-6-2-اهمیت تغذیه ای – بهداشتی 9

2-7-اهداف به نژادی 9

2-8- اهمیت مطالعه منابع ژنتیکی 9

2-9- نشانگر‌‌‌‌‌های ژنتیکی 11

2-9-1-نشانگر‌‌‌‌‌های مورفولوژیک 11

2-9-2-نشانگر‌‌‌‌‌های مولکولی 11

2-10- توالی های تكرار شونده 15

2-11-مقایسه انواع مختلف نشانگر ‌‌‌‌های DNA 15

2-12- ریز ماهواره ها 17

2-12-1-سطح چند شكلی: 18

2-12-2-تکامل ریز ماهواره ها 18

2-12-3-مدل های جهش ریزماهواره ها 19

2-12-4-تشخیص ، فراوانی و توزیع ریز ماهواره ها در ژنوم 20

2-12-5-عمل ریز ماهواره ‌ها 21

2-12-6-مزیت‌‌‌‌‌ها و معایب ریز ماهواره‌‌‌‌‌ها 22

2-13-نشانگر ISSR 23

2-13-1-چند شکلی در ISSR: 23

2-13-3-مزایا و معایب نشانگر ISSR 24

2-14-مروری بر پژوهش‌‌‌‌‌های انجام شده روی تنوع ژنتیكی در پیاز 24

فصل سوم: مواد و روشها

3-1-تهیه نمونه‌ها 27

3-2-استخراج DNA ژنومی 29

3-3-تعیین کمیت و کیفیت DNA 30

3-4-آغازگر های SSR 31

3-4-1-بهینه سازی شرایط واکنش PCR برای آغازگر‌های مورد استفاده 33

3-4-2-انجام واکنش PCR با آغازگر های SSR 33

3-4-3-الکتروفورز محصول PCR روی ژل اکریل آمید (PAGE) 35

3-4-4-تفسیر ژل و تجزیه آماری داده ها 37

3-5-آغازگر های ISSR 38

3-5-1-بهینه سازی واکنش PCR برای آغازگر های ISSR 39

3-5-2-انجام واکنش PCR با آغازگر های ISSR 39

3-5-3-الکترفورز محصول PCR روی ژل آگارز 41

3-5-4-تفسیر و تجزیه آماری داده ها 41

فصل چهارم: نتایج و بحث

4-1-استخراج DNA ژنومی 42

4-2-نشانگر SSR 44

4-2-1-بهینه سازی شرایط واکنش PCR برای جفت آغازگر های SSR 44

4-2-2-الکترفورز محصول PCR روی ژل پلی اکریل آمید 44

4-2-3-نتایج حاصل از استفاده از نشانگر های SSR 45

4-2-4-تجزیه به مولفه های اصلی در نشانگر SSR 58

4-3-نشانگر ISSR 60

4-3-1-بهینه سازی شرایط واکنش PCR برای آغازگر های ISSR 60

4-3-2-الکتروفورز محصول تکثیر شده به وسیله ISSR بر روی ژل آگارز 61

4-3-3-نتایج حاصل از نشانگر ISSR 61

4-3-4-تجزیه به مولفه های اصلی در ISSR 73

4-4- بررسی نتایج حاصل از ادغام دو نشانگر SSR و ISSR 75

4-4-1-تجزیه به مولفه های اصلی در ادغام دو نشانگر SSR و ISSR 77

فصل پنجم: نتیجه گیری كلی و پیشنهادها

5-1-نتیجه گیری كلی 79

5-2- پیشنهاد ها 81

فصل اول